Der Petersfriedhof ist älter als die Erzabtei selbst. Lange vor dem Jahr 700 gab es einen Friedhof auf diesem Platz.
War der Friedhof zunächst nur für Mitglieder des Klosters bestimmt, so folgt ein erster urkundlicher Nachweis am 22. März 1139 mit der Verleihung des Begräbnisrechtes durch Erzbischof Konrad I. von Abensberg.
Unter Abt Petrus Klueghammer (1436-1466) wurde der Friedhof mit einer eigenen Mauer umgeben. Eine erste Friedhofsordnung stammt von Abt Beda Seeauer (1753-1785).
Mit der Eröffnung des Salzburger Kommunalfriedhofes 1878 wurde der Petersfriedhof für Beerdigungen gesperrt, da es künftig nur noch einen einzigen Friedhof in der Stadt Salzburg geben sollte.
Ab dem Jahr 1938 wurden Neubestattungen auf dem Petersfriedhof wieder zugelassen.